Η παραμόρφωση της σπονδυλικής στήλης στην περίπτωση της συγγενούς σκολίωσης, οφείλεται σε ανώμαλα σχηματισμένους σπονδύλους, πράγμα που συμβαίνει κατά τη διάρκεια της κύησης για διάφορους λόγους, κυρίως χρωμοσωμικές ή γονιδιακές ανωμαλίες που αποτελούν μέρος κάποιου γενικότερου συνδρόμου.

Συγκεκριμένα, στην 4^η με 6^η εβδομάδα της κύησης οπότε και σχηματίζεται η σπονδυλική στήλη. Οι ανωμαλίες αυτές αφορούν είτε ημισπονδύλους, είτε μονόπλευρα συνδεδεμένους σπονδύλους αλλά και μεικτές ανωμαλίες.